Tomoya Okazaki est un étudiant de troisième année considéré comme délinquant. Tout semble immobile dans sa vie jusqu'à ce qu'il rencontre Nagisa, et Tomoya découvre que sa vie est sur le point de changer.

Il commence à rêver d'un monde morne et il rencontre une fille qui à la capacité de créer des choses en faisant fusionner des vieilleries. Ainsi elle lui crée un corps. Il renaît alors dans ce monde morne et suit la fille, il sont les deux seuls êtres "vivants".