A la suite des évènements de Ef A Tale Of Memories, Renji reçoit la visite de sa cousine Mizuki qu’il va héberger chez lui. Cette dernière fera alors la connaissance de Kuze, voisin de Renji et également ancien joueur de violon reconnu. Renji devant préparer ses examens et sa mère devant travailler, Mizuki passe le plus clair de son temps en compagnie de Kuze. Tout en se rapprochant de lui, elle essaiera de comprendre quel sombre incident a forcé ce talentueux musicien à arrêter d’exercer sa passion.

Pendant cette période, le meilleur ami de Kuze, Himura, se remémore son douloureux passé. Entre les souvenirs de la disparition de sa sœur, son enfance à l’orphelinat en compagnie de Yuuko et son adolescence avec elle, Nagi et Kuze, les blessures oubliées se rouvrent et des regrets réapparaissent...

« Accepterais-tu de l’écouter ? Ma dernière mélodie... »